ruby1.9.3インストール→chown

先月からアカベコマイリを参考にしつつかなりのんびりとsakura2Gに環境作ってるんですが・・・

rubyをインストールした直後に「権限がないよ！」と怒られssh接続できなくなりました。
とりあえずsakuraのリモートコンソールからrootでログインして作業ユーザーのhomeディレクトリを確認すると・・・

ls -l /home

所有者とグループがrootになっていた。
chownで作業用ユーザーに取り戻す。

 chown -R user:user /home/user

一応sshも繋がるようになったけど原因がわかってないので釈然としない。
checkinstallの手順間違えたとか？